Старинный монастырь Агия-Напа построен в стиле Итальянского Ренессанса, его стены, охраняемые крылатой аркадой, создают впечатление средневековой крепости, и в те далекие времена они защищали церковь от нападения пиратов. История происхождения монастыря теряется в веках.
Похоже, что в древние времена эта местность была покрыта лесами, в которые заглядывали лишь охотники из окрестных деревень. Согласно местному поверью, где- то в XI веке один охотник преследовал зайца, который внезапно исчез из поля зрения. Собака охотника продолжала погоню, пока не наткнулась на пещеру, затерявшуюся среди узких лесистых расщелин. Войдя в таинственный грот, охотник был буквально ослеплен потоками яркого света, который излучала стоявшая там икона Святой Богородицы.
По всей вероятности икона была спрятана кем-то из верующих, кто пытался защитить ее от рук вандалов во времена борьбы с христианскими иконами в VIII — IX веках. После своего чудесного обнаружения икону никогда не вынимали из пещеры. Ей дали название «Святая Богородица Агия-Напы», которое впоследствии было укорочено до «Агия-Напа».
Новость о чудесной иконе быстро облетела близлежащие деревни. Пещера была превращена в место поклонения и паломничества православных христиан.
Другая легенда рассказывает о современном здании монастыря, которое было построено в 1500 г. Когда слава о монастыре облетела весь остров, он привлек внимание знатной венецианской дамы из Фамагусты, которая сбежала сюда от своей семьи, не позволившей ей выйти замуж за любимого, под тем предлогом, что он не имел благородного происхождения. Девушка нашла приют в гроте Агия-Напы и со временем начала строительство монашеских келий. Так появился монастырь.
На исходе Венецианского правления (1489 — 1570 гг.) монастырь стал известен и богат и даже смог пережить притеснения турков во время Османского правления.
По неизвестным причинам с 1758 года монастырь был заброшен, и монахи лишь периодически посещали его стены.
В 1950 году здание было отреставрировано и с 1978 года используется делегатами Вселенского Собора церквей Кипра и стран Ближнего Востока.
Бурный рост городка обусловил строительство в 1994 году новой церкви, возведенной к юго-западу от монастыря.
Новая церковь также носит название Святой Богородицы и 8 сентября каждого года отмечает вместе с монастырем день рождения Божией Матери.
